L’antichissima storia delle Eolie si identifica con quella di Lipari. I primi uomini, provenivano dalla Sicilia, giunsero nel Neolitico medio (inizio del IV millennio a.C.). erano agricoltori, commercianti che nell’isola di Lipari trovarono l’ossidiana, una durissima roccia vulcanica vetrosa, nera e lucente.
L’estrazione e la lavorazione del prezioso minerale decretarono uno straordinario sviluppo della civiltà neolitica nell’arcipelago con la nascita di villaggi e l’intensificazione di scambi commerciali, via mare, con i paesi che si affacciavano sul mediterraneo. Con l’ossidiana si ottenevano richiestissimi utensili, raschiatoi, punte di frecce e di lance, lame ecc. Con l’introduzione dei metalli (2500 a.C.) la lavorazione dell’ossidiana subì un forte calo che provocò una crisi economica irreversibile, durata 500 anni. Alla fine del III millennio a.C., con l’inizio dell’età del bronzo, giunsero a Lipari e nelle altre isole Eolie nuovi gruppi etnici che garantirono un risveglio economico e civile.
Le isole vennero allora frequentate da genti micenee di stirpe eolica che ne fecero degli avamposti per il controllo delle vie commerciali attraverso lo stretto di Messina. Da questa gente eolica le isole presero il nome che ancora conservano. Ad esse si riportano le leggende del mitico re Eolo, signore dei venti, citato nell’Odissea di Omero. Nel corso del XIII secolo a.C. nelle Eolie si insediarono genti ausonie, provenienti dalla Campania, con le quali si riconnette la leggenda del re Liparo, da cui prese il nome la città di Lipari.
Alla fine del X secolo a.C., a causa della rivalità tra diverse genti, che si contendevano la supremazia marittima del basso Tirreno, le isole rimasero, per alcuni secoli, deserte. Durante la 50° olimpiade (580-576 a.C.) Lipari venne colonizzata da popoli Greci di stirpe dorica, di Cnido e di Rodi. I nuovi coloni dovettero difendersi dalle incursioni degli Etruschi (Tirreni). Si munirono, quindi, di una potente flotta navale riportando grandi vittorie e assicurandosi, così, la supremazia sul mare. Durante la prima spedizione ateniese in Sicilia (427 a.C.) i Liparesi strinsero un’alleanza con Siracusa.
L’isola venne attaccata dai cartaginesi che si impadronirono della città. Per la sua posizione strategica e per la grande agibilità dei suoi porti, l’arcipelago divenne un’importante stazione navale cartaginese. Nel 257 a.C. le acque delle Eolie furono teatro di una cruenta battaglia tra la flotta cartaginese e quella romana. Nel 252 a.C. i romani conquistarono Lipari e la rasero al suolo. Iniziò così una grave decadenza. Continuarono alterne vicende che videro le Eolie teatro di alterne vicende durante l’età imperiale romana (I-IV secolo d.C.) Nel IV secolo d.C. Lipari fu sede vescovile e dal VI secolo d.C. nella cattedrale della città vennero venerate le reliquie dell’apostolo San Bartolomeo giunte miracolosamente dall’Armenia. Successivamente le Eolie registrarono momenti tristi per le incursioni dei mussulmani.